En sus inicios podríamos decir, la madre el centro o eje de la Universidad fue el pregrado de Administración de Negocios, entorno al cual giraban los demás, con el paso del tiempo se crea la Maestría de Administración, reafirmando sus intereses en ser líder de la educación superior en la línea Administrativa y Financiera.
En los años 80 se comienza a ver la necesidad de crear Posgrados Gerenciales debido a que el país (Dentro de sus planes y políticas sectoriales, regionales y nacionales) requiere de dicho aporte en todos los sectores de la economía, sin excluir el sector salud.
La experiencia docente y de asesoría acumulada en el área administrativa, sus excelentes recursos de infraestructura y del talento humano, fueron motivo para que se les solicitara (un grupo de directores hospitalarios y de clínicas de la cuidad) la elaboración de un proyecto de Gerencia en el Sector Salud en compañía del CES (Centro de Estudios de la Salud), debido a la tendencia mundial de realizar un enfoque gerencial a las labores de dirección en instituciones hospitalarias, tanto públicas como privadas. Se realizan los estudios de prefactibilidad en el medio, estudios tipo encuesta a directores hospitalarios y de clínicas, se consultaron: integrantes de la asociación de hospitales del gremio médico, dando una respuesta afirmativa sobre la necesidad de un posgrado en el área gerencial del sector salud. Se inscribe entonces esta propuesta dentro del programa del Banco Mundial para los países latinos, de mejorar en la eficiencia optimizando la utilización de los recursos, y aumentar la eficacia al comienzo del objetivo en la prestación de servicios del sector salud.
Se creó un grupo responsable que lideró el proyecto conformado por médicos salubristas y administradores de negocios de las Universidades EAFIT y CES, dando inicio al programa en julio de 1988.