Durante el desarrollo del programa el estudiante forma parte del grupo de investigación, algunos de los cursos que toma son orientados por profesores del grupo, buscando como objetivo el acercamiento eficaz del estudiante a los temas de Tesis. Ese acercamiento se estimula mediante el trabajo permanente, en el grupo de investigación, y este debe conducir de manera natural a la elaboración del trabajo de tesis.
Algunos de los trabajos y proyectos de los cursos están encaminados, además del cumplimiento de los objetivos del curso, a ciertos aspectos de la tesis. Durante la Fase de Investigación se estimula la preparación de al menos una ponencia en un evento o un artículo en una revista.

EAFIT tiene como política permitir la contratación de estudiantes de Maestría que trabajen en proyectos dentro de los grupos de investigación, en la modalidad Asistentes de Investigación. Esto garantiza un recurso económico importante al estudiante, permitiendo que pase más tiempo en la Universidad y en interacción con el respectivo grupo de investigación y su asesor.