Se proponen diferentes áreas temáticas de libre configuración que el estudiante podrá escoger para conformar una línea de énfasis, ya sea en biotecnología, geofísica, mecatrónica, óptica, electromagnetismo aplicado, micro-ingeniería, plasmas; entre otras.

Las líneas propuestas obedecen a tópicos asociados con áreas de conocimiento que son desarrolladas en la universidad en diferentes programas y/o en sus grupos de investigación, áreas que igualmente se han identificado por la relevancia que tiene la física en su actividad.

Estas líneas pretenden acercar al estudiante a ciertas problemáticas que serán afines con su actividad profesional y que están comprendidas entre sus posibles campos de acción. En algunas de estas líneas, la instrumentación científica se convierte en un campo de desarrollo profesional muy importante. También se convierten en un ejercicio de interdisciplinariedad propio de su actividad profesional.