Por eso, desde hace varios años, la Universidad ha desarrollado procesos de autoevaluación institucional que le han permitido revisar sus procesos para identificar las fortalezas y también las debilidades con el fin de establecer acciones de mejoramiento.​ 

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En 1997 la Universidad se inscribió al Sistema Nacional de Acreditación con siete programas de pregrado. Luego de que se aceptó la inscripción al Sistema, se inició un proceso de autoevaluación, que continuó con las demás etapas necesarias para la acreditación institucional.

En 2003, EAFIT obtuvo su primera Acreditación Institucional por seis años, lo que la convirtió en esa época en la primera institución privada de Antioquia en lograr este reconocimiento público a la alta calidad que hace el Estado. Resolucion número 2086 del 5 de Septiembre de 2003

Uno de los logros  más significativos es que a través de la Resolución número 1680 del 16 de ​marzo de 2010,​ expedida por el Ministerio de Educación Nacional, la Universidad EAFIT fue la primera en recibir la renovación de la Acreditación Institucional de alta calidad por ocho años más. "EAFIT obtuvo esta distinción con honores", dijo Cecilia María Vélez White, ministra de Educación Nacional de la época, al referirse a este logro alcanzado por la Universidad EAFIT.

De igual forma, todos sus programas Pregrado que son susceptibles de ser acreditados están acreditados.

Ver sitio Acreditación Institucional
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