El programa de Ingeniería Matemática tiene como filosofía la promoción en sus estudiantes la capacidad de indagación y búsqueda y la formación de un espíritu investigativo que les permite la formulación de problemas y de alternativas de solución. La principal figura para dicha formación investigativa son las Prácticas Investigativas, la interacción con grupos de investigación, los semilleros y varias materias del currículo. Todos los estudiantes encuentran espacios en los grupos de investigación y empresas para la realización de las Prácticas Investigativas. Un indicio de los buenos resultados de dicha formación son las publicaciones y reconocimientos que han recibido los estudiantes.
El programa cuenta con un núcleo de profesores que dedica tiempo significativo a la investigación relacionada con el programa y articulada con la docencia y la extensión o proyección social, dadas las condiciones de una universidad de docencia con investigación. La Universidad EAFIT hace grandes esfuerzos y ha incrementado en los últimos años la inversión anual en investigación prácticamente todos los proyectos bien justificados y presentados logran una financiación interna. A los proyectos de investigación estricta se le suman los proyectos de formación, de semilleros y de prácticas investigativas en Ingeniería Matemática. En Ingeniería Matemática se observa una relación directa entre investigación y docencia. Por ejemplo, muchas ponencias salen de problemas de cursos y muchos proyectos tienen resultados que se reflejan en los cursos.