Juan Fernando es egresado del pregrado en música con énfasis en violín (2005). Hasta 2013 fue docente de cátedra en el Departamento de Música, asistente en proyectos de investigación y miembro de la Orquesta Sinfónica Eafit, Como miembro del Grupo en Investigación en Estudios Musicales de la Universidad Eafit participó activamente en la creación y consolidación del archivo música de la Sala de Patrimonio Documental del Centro Cultural Biblioteca Luis Echavarría Villegas de la Universidad Eafit. En 2009 fue uno de los cinco latinoamericanos seleccionados como becarios de Fundación Carolina en la "Cátedra Robert Stevenson para La Preservación y Difusión del Patrimonio Artístico Iberoamericano," dictada conjuntamente por el Real Conservatorio de Madrid y la Academia de Bellas Artes de San Fernando en Madrid, España.
Juan También fue el primer musicólogo graduado de la maestría en música de la Universidad Eafit (2011), y por ello el primer musicólogo egresado en un programa de maestría en una universidad Colombiana. En 2012 gracias a una de las tres becas en investigación en patrimonio otorgadas por la Secretaría de Cultura Ciudadana de Medellín publicó el libro "Los Ecos de la Villa: La Música en los Periódicos y Revistas de Medellín (1886-1903)". Sus artículos han sido publicados en El Boletín de Música de Casa de las Américas y Artes la Revista: Revista de la Facultad de Artes de la Universidad de Antioquia, próximamente uno de sus artículos será publicado en Latin American Music Review, revista editada y publicada por la Universidad de Texas.
En 2013 Juan viajó a los Estados Unidos para adelantar estudios doctorales gracias a una beca Fulbright-Mincultura para artistas. Actualmente candidato a doctor en Musicología con un doble certificado en estudios culturales y estudios latinoamericanos de la Universidad de Pittsburgh y ha sido designado como "Andrew W. Mellon Pre-Doctoral Fellow" para el período 2017-2018.
"Andrew W. Mellon Predoctoral Fellowship" es un prestigiosos programa de becas que ofrece apoyo financiero a estudiantes altamente calificados para desarrollar sus tesis doctorales. Estas becas tienen un doble proceso de selección al cual sólo se admiten estudiantes estudiantes recomendados por sus escuelas en base a la calidad de su trabajo y su rigor académico. Posteriormente, los candidatos participan en un proceso de selección muy competitivo, hecho por un comité de seis profesores de diferentes áreas. Sólo los seis mejores estudiantes de los programas de posgrado de la universidad acceden a becas Andrew W. Mellon cada año.
"(Re) Sounding Cities: Urban Modernization, Listening, and Sounding Cultures in Colombia, 1886-1930," el proyecto con que Juan ganó este reconocimiento, es una investigación que analiza cómo las prácticas sonoras y de escucha participaron en la reconfiguración de los espacios urbanos durante los acelerados procesos de modernización que experimentaron las ciudades colombianas en el período conocido como la "Hegemonía Conservadora" (1886-1930).