Somos un centro que articula las tecnologías de secuenciación de ácidos nucleicos (ADN y ARN), los recursos del centro de computación Apolo, y un grupo de investigadores de alto nivel, para generar soluciones a distintos sectores empresariales, así como a laboratorios de investigación.
¿Qué Hacemos?
Utilizamos un conjunto de métodos y técnicas bioquímicas cuya finalidad es la determinación del orden de los compuestos que forman el ADN o el ARN (secuenciación de ácidos nucleicos). Con técnicas bioinformáticas estudiamos y entendemos esta información genética para la posterior explotación de una especie, o conjunto de especies, fortaleciendo así la investigación e innovación de nuestros clientes y socios en diferentes sectores.
Aplicaciones
Industria de Alimentos
- Realizar controles de sanidad para rastrear fuentes de contaminación como patógenos humanos, patógenos de plantas o cualquier otro organismo que afecte la cadena productiva.
- Identificar y caracterizar las comunidades de microorganismos asociados a los procesos productivos.
- Apoyar el desarrollo de nuevos productos (e.g. producción de probióticos, construcción de bacterias acido lácticas, descubrimiento de nuevas enzimas) partiendo de la caracterización de microorganismos o comunidades microbianas.
Laboratorios de Enfermedades Infecciosas
- Caracterización genómica de bacterias patógenas.
- Reconstrucción y anotación de genomas bacterianos.
- Genotipificación por MLST.
- Identificación de genes y mutaciones confiriendo resistencia a los antibióticos.
- Identificación de genes de virulencia.
- Búsqueda de variantes genómicas.
- Caracterización genómica de virus.
- Reconstrucción y anotación de genomas.
- Búsqueda de variantes genómicas.
- Análisis de comunidades microbianas.
- Secuenciación metagenómica por amplicón (metabarcoding) del 16S e ITSs.
- Análisis ecológicos (índices de diversidad alfa y beta, estimadores de riqueza, profundidad de cobertura).
Industria Ganadera
- Monitoreo de la comunidad microbiana en sistemas silvopastoriles con el fin de detectar beneficios de la implementación de esta estrategia.
- Análisis de microbiota de ganado.
- Secuenciación de genomas de ganado.
- Identificación de agentes zoonóticos.
Laboratorios de Investigación
- Secuenciación, anotación y búsqueda de variantes de genomas procariotas y virales.
- Secuenciación y análisis de metagenomas.
- Asesorías en genómica, metagenómica, transcriptómica y procedimientos con macromoléculas biológicas (ADN, ARN y Proteínas).
- Secuenciación y anotación de genomas eucariotas.
Soluciones a la medida
La naturaleza multidisciplinaria de nuestro quipo de trabajo nos faculta para entender las necesidades particulares de cada cliente. Basados en este entendimiento, somos capaces de generar metodologías dirigidas a responder los problemas exclusivos de cada cliente.
Los Procedimientos que empleamos
- Extracción de ADN y ARN.
- Preparación de librerías de genoma completo y amplicones.
- Cuantificación por electroforesis capilar, fluorescencia y por qPCR.
- Secuenciación de genomas y amplicones.
- Análisis de datos genómicos, transcriptómicos y metagenómicos producidos por tecnologías de secuenciación.
¿Cómo Trabajamos?
Nuestra metodología se centra en una interacción constante con nuestros clientes y socios. De este modo, el diálogo nos permite encontrar necesidades específicas, a partir de la cuales buscamos soluciones basadas en la secuenciación de ácidos nucleicos y el análisis de los datos generados a partir de este proceso.
Grupos de investigación
Nuestro centro se consolida a partir de los avances desarrollados por los grupos de investigación CIBIOP y BEC, lo que nos permite hacer uso del conocimiento acumulado durante años anteriores para dar soluciones efectivas y en corto plazo, buscando siempre el fortalecimiento de la investigación e innovación de nuestros clientes y socios.
Grupo de Investigación en Ciencias Biológicas y Bioprocesos – CIBIOP
El CIBIOP genera nuevo conocimiento en ciencias biológicas y en sus aplicaciones para la solución de problemas del entorno. Esto a través del uso de herramientas como la genómica, la proteómica, el análisis de procesos metabólicos, la optimización de procesos, entre otras.
Así, busca desarrollar tecnologías biológicas competitivas y diseñar bioprocesos económicamente viables, a fin de contribuir con nuevas estrategias que impacten la producción sostenible de alimento y el mejoramiento de la salud humana.
Los principales componentes de su portafolio de tecnologías son:
- Bioprospección.
- Mecanismos de acción a nivel molecular y celular.
- Producción y purificación de compuestos bioactivos.
- Bioescalado.
Biodiversidad, Evolución y Conservación (BEC)
La biodiversidad representa el mayor recurso natural de Colombia, país megadiverso. Esta biodiversidad incluye, además de las especies de plantas y animales, todos los microorganismos a ellos asociados, y todas las interacciones bióticas que se desarrollan dentro de nuestros diversos ecosistemas. Su conservación, apoyada en esquemas de uso sostenible basados en un conocimiento detallado de ella y del desarrollo de productos innovadores en ella inspirada, presenta grandes retos y grandes oportunidades para el desarrollo científico y económico del país. El grupo aspira establecerse como líder y referente en temas asociados al estudio y conservación de la biodiversidad colombiana, incluyendo los microorganismos que ella comprende.
Equipo
Javier Correa Álvarez
Doctorado en Genética y Biología de la Universidad Estadual de Campinas (UNICAMP), Campinas, SP (Brasil). Maestría en Biología de la Universidad de Antioquia. Pregrado en Biólogo de la Universidad de Antioquia.
Jefe de la carrera de Biología. Docente del Departamento de Ciencias Biológicas – Escuela de Ciencias.
Nicolás Pinel
Doctorado en microbiología de la Universidad de Miami. Pregrado en Microbiología e Inmunología de la Universidad de Washington.
Profesor asociado del Departamento de Ciencias Biológicas – Escuela de Ciencias.
Juan Fernando Díaz-Nieto
Doctorado en Ecología, Evolución y Comportamiento de la Universidad de Minnesota. Pregrado en Biología de la Universidad de Antioquia.
Profesor asociado del Departamento de Ciencias Biológicas – Escuela de Ciencias.
Diego Fernando Villanueva
Doctorado en Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia – Sede Medellín. Maestría en Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia – Sede Medellín. Pregrado en Biología de la Universidad del Tolima.
Jefe Departamento de Ciencias Biológicas – Escuela de Ciencias. Profesor Titular Departamento de Ciencias Biológicas – Escuela de Ciencias
Juan Sebastián Solano
Maestría en Ciencias-biotecnología de la Universidad Nacional. Pregrado en Biología de la Universidad del Tolima.
Coordinador del Centro de Secuenciación Axomics.
Contacto
Spin Off Axomics
Innovación EAFIT
Teléfono (57) 604 261 9500, extensión 8958
axomics@eafit.edu.co
Transferencia de Tecnología y Conocimiento
Innovación EAFIT
Teléfono (57) 604 261 9500
transferencia.innovacion@eafit.edu.co