Los semilleros que pertenecen al departamento de Ciencias Matemáticas son:
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Semillero de Investigación en Simulación y Modelación Matemática SIMAT.
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Semillero de Investigación e Modelos Matemáticos Aplicados al Estudio de los Bosques Tropicales y el Cambio Climático (BIOMAT)
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Semillero de Investigación en Métodos Formales