Las colecciones biológicas son un conjunto de especímenes de la diversidad biológica que se encuentran preservados bajo estrictos protocolos de curaduría especializada para contribuir al progreso de la Nación mediante la descripción y la caracterización de la diversidad, de tal forma que genere nuevos conocimientos fundamentales sobre principios biológicos y ecológicos.

La Colección Biológica Universidad EAFIT, siendo una de las colecciones más recientes en Colombia, tiene como objetivo ser una colección de referencia que permita ser testigo de la diversidad biótica de aquellas regiones de las cuales provenga el material depositado. Actualmente es el repositorio de especímenes de docencia e investigación que han sido catalogados y sistematizados en 1.367 ejemplares de mamíferos, 641 anfibios y 376 reptiles, correspondientes a 51 familias, 175 géneros y 361 especies, de 8 departamentos y 34 municipios de Colombia.

En particular, gran parte de la información custodiada pertenece a un banco de aproximadamente 3.000 tejidos, los cuales han sido fuente de proyectos de investigación que pretenden identificar a nivel molecular las especies de vertebrados de Colombia. Adicionalmente, la Colección Biológica Universidad EAFIT alberga microorganismos como bacterias, arqueas, hongos y algas, pero por efectos de simplicidad, los distintos grupos bióticos en la colección se clasifican como microorganismos, vertebrados, invertebrados y plantas.