Las colecciones de rocas y minerales de los laboratorios de Ciencias de la Tierra de la Universidad EAFIT comenzaron con la creación de los Laboratorios de Mineralogía, Petrografía, Petróleos, Paleontología y Depósitos Minerales del programa académico de Geología, entre los años 1984 y 1985. Durante los 40 años del pregrado, la colección se ha enriquecido por la compra de colecciones de referencia nacional e internacional, además de la donación de ejemplares por parte de estudiantes, profesores, egresados, entidades como el Servicio Geológico Colombiano, Fundiciones Escobar y personas del común con curiosidad y pasión por el conocimiento geológico de su entorno.

Dentro de las categorías de la colección se cuentan con más de 2000 piezas paleontológicas, 1800 piezas entre rocas ígneas, sedimentarias y metamórficas, las cuales casi todas cuentan con sección delgada y 1300 piezas de minerales pertenecientes a todos los grupos mineralógicos: Elementos nativos, sulfuros y sulfosales, óxidos e hidróxidos, haluros, carbonatos, nitratos y boratos, fosfatos, arseniatos y vanadatos, sulfatos, cromatos, molibdatos y volframatos y silicatos.

Desde el año 2019, la colección hace parte de la Red Nacional de Museos y Colecciones Geológicas y Paleontológicas de Colombia, liderada por el Servicio Geológico Colombiano, con el fin de unir a instituciones y personas para conectarlos y así favorecer las buenas prácticas en la gestión de colecciones, especialmente las paleontológicas, el aprendizaje conjunto, el apoyo mutuo y el fomento a la investigación, siendo EAFIT una de las siete entidades que representan al departamento de Antioquia.