Las líneas de investigación se encuentran sustentadas en los grupos de investigación del Departamento de Ciencias Físicas y tienen estrecha relación con las líneas de énfasis de la Maestría en Ciencias Aplicadas ofrecida por el mismo Departamento. Dichas líneas son:
- Instrumentación Científica
- Instrumentación Remota
- Mecánica Cuántica Computacional
- Microingeniería
- Holografía
- Procesamiento Óptico
- Caracterización de Materiales
- Procesamiento de Materiales por Plasma
- Electromagnetismo
- Nanotecnología