Históricamente la región del Eje Cafetero se ha caracterizado por su pujanza, espíritu emprendedor y, particularmente, por la facilidad de interconectividad vial entre sus principales centros poblacionales. Estas razones llevaron a las directivas de la Universidad EAFIT a estar presentes en esa zona del país, desde 1995, con servicios al sector privado, público y social.
Pereira, capital del departamento de Risaralda, era el lugar donde residía el mayor número de egresados de pregrado de la Universidad EAFIT por fuera de Antioquia. Esto la convertía no sólo en una excelente lugar para la consolidación de programas de posgrado, sino en una posibilidad para consolidar relaciones con otras universidades de la ciudad y de los departamentos de Quindío y Caldas.
Si bien EAFIT inició operaciones en el Eje Cafetero desde 1978, cuando se ofrecieron los primeros programas de posgrado a través de la Especialización en Finanzas en convenio con la Cámara de Comercio de Pereira, y posteriormente con la entonces Universidad Católica Popular del Risaralda (hoy Universidad Católica de Pereira), fue a partir de 1995 cuando la Universidad apareció con mayor dinamismo en el escenario regional, con un espacio físico desde donde se impartían programas de posgrado y algunos de Educación Continua.
Posteriormente, en abril de 2010, gracias al liderazgo del eafitense Roberto Arenas Mejía, quien se desempeñó como Director Regional, se inició la construcción de una infraestructura propia. En ese momento EAFIT Pereira pasó de ser un referente en educación de posgrado, para convertirse en la mejor aliada en temas de educación continua, enseñanza de inglés como segunda lengua, y en asesorías y consultorías, para el sector empresarial de la región y, en general, del sur occidente de Colombia.
El proyecto de tener un lugar propio, que está ubicado en el estratégico sector de Pinares de la ciudad de Pereira, representó una inversión de más de 3.000 millones de pesos.
La Universidad EAFIT no limita su rango de acción a Pereira. Con los años ha desarrollado varios convenios de cooperación con universidades de la región del Eje Cafetero y del Suroccidente de Colombia, esto con el fin de complementar la oferta académica de posgrados y educación continua.