Luego de la creación de la Escuela de Ingeniería en 1979, esta nueva Escuela representó la transformación más importante de la estructura académica que ha vivido la Universidad en su historia.
Con ésta, la Universidad dio un salto definitivo que la llevó a una comprensión de la amplitud de saberes y, especialmente, una base filosófica y científica representada en los dos departamentos con los que se creó: Humanidades y Ciencias Básicas.
Ya en 2014, y luego de una profunda restructuración, el Departamento de Ciencias Básicas se separó de esta Escuela, por lo que pasó a llamarse Escuela de Humanidades de EAFIT.