Luego de la creación de la Escuela de Ingenierías en 1979, esta nueva Escuela representó la transformación más importante de la estructura académica que ha vivido la Universidad en su historia.
Con esta, la Universidad dio un salto definitivo que la llevó a una comprensión de la amplitud de saberes y, especialmente, una base filosófica y científica representada en los dos departamentos con los que se creó: Humanidades y Ciencias Básicas.
Estos departamentos no eran propiamente nuevos, por el contrario, existían casi desde los orígenes de la Universidad, pero estaban incrustados, respectivamente, en la Escuela de Administración y en la Escuela de Ingenierías.
El problema estaba en que estos estaban reducidos a la categoría de Departamentos de servicios, con todo el prestigio que pudieran representar académicos e investigadores, pero sin poder incidir en la espina dorsal formativa de un pregrado.
La apertura humanística de EAFIT no se dio sólo con la creación de esta Escuela, sino que, como complemento aparecieron la carrera de Música y la Orquesta Sinfónica EAFIT (2000), bajo el Departamento de Música.
A esto se le sumaron otros proyectos como la nueva biblioteca, convertida en centro cultural, el Fondo Editorial y la reforma académica conocida como la flexibilización curricular.
En 2014, y luego de una profunda revisión de los procesos al interior de la Escuela, se decide separar al Departamento de Ciencias Básicas para convertirlo en la Escuela de Ciencias, por lo que esta dependencia eafitense pasó a llamarse Escuela de Humanidades.