La maestría parte de una adecuada fundamentación en temas de finanzas, economía y matemáticas (semestre I y II), para continuar con la formación avanzada en ingeniería financiera, finanzas corporativas y gestión de riesgo (semestre III) y concluir con el ciclo de investigación (semestre V no presencial) y la producción de un artículo publicable.
La investigación es transversal en todo el proceso de formación en la maestría en Ciencias en Finanzas.
Semestre I
| Asignatura | Créditos | Horas presenciales | Horas independientes |
| Microeconomía I | 3 | 36 | 96 |
| Macroeconomía I | 3 | 36 | 96 |
| Econometría I | 3 | 36 | 96 |
| Matemáticas Avanzadas | 3 | 36 | 96 |
| Total | 12 | 144 | 384 |
Semestre II
| Asignatura | Créditos | Horas presenciales | Horas independientes |
| Series de tiempo | 3 | 36 | 96 |
| Valoración de derivados | 3 | 36 | 96 |
| Teoría financiera | 3 | 36 | 96 |
| Riesgo financiero | 3 | 36 | 96 |
| Total | 12 | 144 | 384 |
Semestre III| Asignatura | Créditos | Horas presenciales | Horas independientes |
| Finanzas corporativas avanzadas | 3 | 36 | 96 |
| Estudios empíricos en finanzas | 3 | 36 | 96 |
| Valoración de activos financieros | 3 | 36 | 96 |
| Seminario Investigación | 3 | 36 | 96 |
| Total | 12 | 144 | 384
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Semestre IV
| Asignatura | Créditos | Horas |
| Proyecto de investigación | 8 | ** |
| Total | 8 | |
** Proyecto de investigación: el estudiante desarrollará su proyecto de investigación en un período de treinta y dos (32) semanas con una dedicación semanal mínima de doce (12) horas. Durante el desarrollo del proyecto, el estudiante contará con el acompañamiento de un asesor o director de tesis, el cual puede o no estar vinculado como docente de planta de la Universidad EAFIT.