Creada en el año 2000 con el objetivo de satisfacer la necesidad cultural de la ciudad de Medellín de tener una orquesta sinfónica de la más alta calidad, y una que fuera capaz de proporcionar un programa anual estable que incluyera un repertorio sinfónico universal. También se creó en respuesta a las expectativas de los estudiantes de la Escuela de Música de la Universidad EAFIT, quienes necesitaban un espacio para las prácticas orquestales requeridas en el plan de estudios y para facilitar la práctica de músicos locales y extranjeros que vivían en la ciudad.
Actualmente, después de diecinueve años de trabajo, se puede decir que la Orquesta Sinfónica EAFIT ha desempeñado un papel cultural importante en la ciudad y en su contexto de academia musical debido a la calidad su desempeño, la selección del repertorio y la continua invitación de solistas invitados, directores y reconocidos músicos en la escena musical nacional e internacional. Dirigida por la Maestra Cecilia Espinosa Arango, la Sinfónica EAFIT ha ofrecido estrenos musicales en Colombia, de gran acogida por el público, como la puesta en escena de las óperas "La Flauta Mágica" y "Las Bodas de Figaro" de WA Mozart y "Jesucristo Súper estrella" de A. L. Webber