Así, el principio de lo que fue su tercera etapa estuvo marcado por distinciones, grandes proyectos e iniciativas académicas. Todo con una nueva administración, hasta el momento, la más larga de la historia.

El ingeniero Guillermo Sanín Arango asumió la Rectoría de la Institución, en la que fortaleció durante los 12 años que estuvo el enfoque humanista de los diferentes programas académicos y su proyección internacional. 

En esta época el protagonismo se lo llevaron nuevos pregrados como Ingeniería Civil, Ingeniería Mecánica y Geología. El primero auguró una década exitosa, el segundo facilitó la llegada de nuevos equipos y material bibliográfico, y el tercero atendió la necesidad de formar profesionales que abordaran temas relacionados con desastres naturales, estudios de los litorales y recursos naturales y minerales.

Pero el fortalecimiento de la infraestructura no se quedó atrás. Un auditorio fue entregado a la comunidad universitaria y poco a poco fue dotado gracias a donaciones del sector privado. Este recibió el nombre de Fundadores, ya que homenajea a los líderes industriales que se imaginaron y luego realizaron la EAFIT de hoy.

Además, se creó el Centro de Laboratorios para integrar la coordinación de los laboratorios ya existentes y los pensados a futuro. Nació el espacio de EAFIT en Bogotá, y comenzó a gestarse el Instituto de Capacitación e Investigación del Plástico y el Caucho.

Por otro lado, la Universidad le apostó a realizar el primer ejercicio de Autoevaluación Institucional, que se continúa implementando con el fin de mejorar los procesos. Así mismo, gracias al Simposio Internacional de Ingeniería de Producción, donde participaron conferencistas internacionales y asistieron profesionales interesados en estas temáticas, se dio un paso agigantado en el entonces proceso de internacionalización.​

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En los años ochenta, Colombia vivió otra dolorosa etapa de violencia, esta vez vinculada al problema del narcotráfico. Lamentables hechos, como el asesinato de Rodrigo Lara Bonilla, ministro de Justicia; la toma del Palacio de Justicia o el magnicidio de Luis Carlos Galán marcaron la década. En el mundo, varios hechos requerían la reflexión y las propuestas de instituciones interesadas en mejorar el desarrollo social y económico. Esta fue la década del neoliberalismo, el fin de la llamada Guerra Fría y la caída del muro de Berlín. Entonces, se presentaba un contexto en el que era fundamental relacionarse y conocer el ámbito internacional. Mientras tanto, la Universidad se sobreponía a una crisis financiera y a un cese de actividades de los profesores. A pesar de estos sucesos, su propósito era continuar expandiéndose para dar respuesta a las necesidades que tenía el país a través de la formación. 

También fortaleció su oferta académica. La Escuela de Ingeniería creció con nuevos pregrados: Civil (1980) y Mecánica (1982). En 1983 empezó a ofrecerse el programa de Geología. La Universidad seguía con el propósito de ampliar los estudios en áreas claves como los recursos minerales y naturales.

A principios de la década, la Institución mantenía su enfoque de universidad de docencia. Sin embargo, avanzó en hitos importantes en la construcción de las bases que apoyarían la investigación experimental. Por ejemplo, en 1981, creó el Centro de Laboratorios para integrar los laboratorios de ingeniería existentes y planear nuevos espacios requeridos por la Institución. El interés por la investigación concordaba con las directrices del Gobierno Nacional que propuso, en 1980, la investigación como otra de las principales actividades de la educación superior. Las evaluaciones para asegurar la alta calidad también empezaron a ser fundamentales. Por eso, en 1985, la Institución emprendió su primera autoevaluación que condujo, como resultado, al planteamiento del Plan Trienal de Desarrollo 1986-1988.

Un hito que respondió a las necesidades de nuevos conocimientos en tecnología e investigación fue la apertura de tres salas de microcomputadores, la primera con equipos Appel (1984) y otras dos con equipos Tandy 1000 y Color Computer (1986). También, en 1986, se realizó el primer evento con enfoque internacional: el Primer Simposio Internacional de Ingeniería de Producción.

Por otro lado, a finales de la década, comenzó a plantearse un cambio en el modelo pedagógico con un curso multimedial de docencia universitaria, conocido como Cundedum. El modelo, antes centrado en la figura del docente, ahora llamaba la atención sobre el papel que el alumno tenía en su propia formación. 

La publicación del primer número del periódico estudiantil Nexos, el 12 de agosto 1987, fue un logro que les dio a los estudiantes la oportunidad de tener un mayor protagonismo en la vida universitaria. Así mismo, en estos años, se inauguró el Auditorio Fundadores (1987) como un homenaje a los líderes visionarios que dieron origen a la Institución; y se abrió una nueva sede en Bogotá (1989) para acompañar a los egresados que residían en esta ciudad y atender sus necesidades. Además de entrar en un mercado grande y competido, y tener presencia en el centro del país.