Colombia en el nuevo milenio siguió enfrentando desafíos mayores para lograr una estabilidad económica, política y social. A pesar de los riesgos de fragmentación en el sector rural y la violencia de los grupos armados ilegales, con los que se siguió buscando acuerdos de paz, el país avanzó en ámbitos importantes como la modernización de sus sistemas de transporte y los progresos significativos del deporte nacional con la primera medalla de oro en unos Juegos Olímpicos (María Isabel Urrutia, levantamiento de pesas, Sídney 2000).

Por su parte, la Universidad, con la llegada del nuevo milenio, propició más de cerca el encuentro con la cultura y la investigación, sellos indiscutibles del decenio. De hecho, a partir de esta década, la Institución comenzó a transitar por una nueva etapa: la Universidad de docencia con investigación en la que, sin renunciar a su vocación de formación, también le apuesta de manera decidida a la generación de nuevo conocimiento.

Con el cambio de siglo se crearon, entonces, las ingenierías en Matemática (2002) y Física (2003), apuesta por las ciencias básicas; y el doctorado en Administración (2004), el primero en su género en Colombia, fruto de un trabajo académico de intercambio y cooperación desarrollado desde 1991 entre EAFIT y la École de Hautes Études Commerciales (HEC) de Montreal (Canadá). En 2005 empezó el segundo doctorado, el de Ingenierías.

Como parte de la transformación institucional que apuntaba a nuevos horizontes nació la Orquesta Sinfónica EAFIT (2000), la Sala de Patrimonio Documental (2002) y otros nuevos pregrados. Ciencias Políticas (2001) surgió en un contexto que requería la proposición de soluciones de convivencia en un mundo marcado por la lucha antiterrorista, desde los ataques del 9/11 en 2001; por el Socialismo del siglo XXI en Latinoamérica; y por la búsqueda de mecanismos para alcanzar mejores acuerdos sociales en el país. En 2004, con el pregrado en Comunicación Social, se respondió al reto que trajo el uso masivo de internet, de los teléfonos móviles y de las nuevas plataformas digitales de noticias. 

Y, desde 2004, surgió la Universidad Parque, un concepto en su campus principal de Medellín que orienta la transformación de su infraestructura, y que invita a eafitenses y visitantes a disfrutar de un lugar para permanecer en el que se integran naturaleza, arquitectura y arte, en un ambiente de estudio o conversación. Este proyecto fue reconocido, en 2008, con el premio Lápiz de Acero, en la categoría de espacios públicos, otorgado por revista Proyecto Diseño.

La promoción de la cultura en sus más diversas formas se notó en Colombia con la promulgación de la Ley de Cine en 2003, con muy buenos resultados, y que propició la creación de muchas más obras y el crecimiento de una industria en la que convergen muchas otras profesiones. En el ámbito urbano, la década fue testigo de la llegada de los primeros mandatarios independientes del bipartidismo tradicional.

“Contribuir al progreso social, económico, científico y cultural del país” marcó la Misión de EAFIT desde 2008. Y así lo declaraba y lo materializaba “mediante el desarrollo de programas de pregrado y de posgrado –en un ambiente de pluralismo ideológico y de excelencia académica– para la formación de personas competentes internacionalmente; y con la realización de procesos de investigación científica y aplicada, en interacción permanente con los sectores empresarial, gubernamental y académico”. Con esta postura estratégica, la Institución explicitaba su transitar hacia las llamadas universidades de tercera generación que, además de transmitir y generar nuevo conocimiento, transfieren sus capacidades al entorno y, de esta manera, fortalece su tercer eje misional: la proyección social. 

El mundo de la ciencia y la investigación no para en esta década, en la que se completó la secuencia del genoma humano (2003), comenzó a desarrollarse la revolución de las redes sociales (Facebook, 2004) y se confirmó la existencia de agua en Marte (2008). En EAFIT, de otro lado, los ejes de investigación e innovación se potenciaron con nuevos hitos como la creación del Centro para la Innovación, Consultoría y Empresarismo (CICE), en 2006, hoy Innovación EAFIT; la obtención de la primera patente: modelo de utilidad para el Tornillo de troncos giratorios (2005); o, tres años después, la primera patente de invención, denominada Aparato para la medición de las fuerzas de oclusión oral. De igual forma, antes de culminar la década, en 2009, surgió la primera spin off de la Universidad: Tezio-EAFIT. 

La Institución, en su ejercicio permanente de repensarse, propuso dos programas innovadores que les dieron la bienvenida a públicos de otras generaciones a la experiencia universitaria. En 2001, inició actividades Saberes de Vida, para el deleite intelectual de los mayores de 55 años; y, en 2005, la Universidad de los Niños, en el que las preguntas permiten acercar la ciencia a niños a partir de los siete años de edad, además de ser uno de los pocos espacios de encuentro en el país entre estudiantes de la educación pública y privada. 

También se fortaleció la impronta de EAFIT, a través del Núcleo de Formación Institucional (2007), que forma a los estudiantes para que desarrollen una conciencia lingüística y discursiva, histórica y social, estética y literaria, política, ciudadana y crítica. La internacionalización siguió su marcha con la apertura de la especialización en Mercadeo en Guatemala, el primer programa ofrecido en el exterior.