A su regreso al país se ocupó inicialmente de los negocios familiares en textiles. Así, participó como administrador de la Calcetería Alfa, propiedad de su padre y entre 1936 y 1938 estuvo como gerente de la Calcetería Pepalfa. Posteriormente ingresó a Coltejer, donde ocupó un alto puesto directivo. En 1943 ocupó el cargo de Ministro de Obras Públicas. Después de desempeñar este cargo en el gobierno de Alfonso López Pumarejo, regresó a gerenciar la Locería Colombiana.
Hernán Echavarría combinó su labor en la industria privada y la política con lo académico: en 1948 publicó su libro Pleno empleo y otros temas, seguido por varios libros sobre temas económicos, como El sentido común de la economía colombiana y El problema del cambio, relativo a problemas monetarios. Se destacó como director de la revista Semana y también fue columnista de El Tiempo.
En la década de 1950 contribuyó a la creación del Incolda y fue uno de los pioneros de la profesionalización de la Administración de Empresas. Participó en la organización de la Sociedad Colombiana de Economistas y en la creación de la Facultad de Economía de la Universidad de los Andes.
En 1960 fue uno de los fundadores de la Escuela de Administración y Finanzas de Medellín. También fue impulsor de otras entidades educativas de orígenes análogos a los de EAFIT como la Universidad del Norte en Barranquilla, el Colegio de Estudios Superiores de Administración (Cesa) en Bogotá, la Universidad Autónoma de Bucaramanga (Unab) y la Universidad Icesi en Cali. En los últimos años de su vida, Hernán Echavarría Olózaga se dedicó a escribir un sinnúmero de ensayos periodísticos y libros sobre temas de economía.
Apartes del libro Universidad EAFIT 50 años.