La estructura organizacional de EAFIT se ha configurado para responder de manera oportuna no solo a la estrategia de la Universidad, sino también a las transformaciones y los retos de la educación superior en Colombia y el mundo.
La carta organizacional la preside el Consejo Superior y el Consejo Directivo. El primero es el máximo estamento de la Institución y es la instancia encargada de dar línea estratégica para la toma de decisiones más importantes, así como de proveer direccionamiento con relación a los temas de fortalecimiento y proyección institucional universitaria. El Consejo Directivo, por su parte, es el órgano ejecutivo de las políticas académicas y administrativas establecidas por el Consejo Superior.
La administración central está integrada por la Rectoría, unidad que depende del Consejo Superior, y que orienta y dirige la vida académica y administrativa de la Universidad. A esta están adscritas:
vicerrectorías de la que dependen direcciones, departamentos, áreas o procesos administrativos que facilitan y coordinan los tres ejes misionales de la Universidad: aprendizaje, descubrimiento y creación, y proyección social.
escuelas de carácter académico-administrativo organizadas alrededor de áreas del conocimiento afines entre sí, y líderes de la gestión administrativa de los departamentos académicos y sus programas de pregrado y posgrado, y de los centros de estudio.
direcciones, departamentos u oficinas asesoras responsables de diseñar y desarrollar procesos transversales a toda la Institución.
direcciones de sedes, encargadas de proyectar las capacidades de EAFIT en el territorio nacional.
EAFIT cuenta también con otros estamentos rectores como lo son los consejos Académico y de Escuelas; y los comités de carrera, de escalafón docente, de investigaciones, entre otros.