La estructura organizacional de EAFIT se ha configurado para responder de manera oportuna no solo a la estrategia de la Universidad, sino también a las transformaciones y los retos de la educación superior en Colombia y el mundo.
La carta organizacional la preside el Consejo Superior y el Consejo Directivo. El primero es el máximo estamento de la Institución y es la instancia encargada de dar línea estratégica para la toma de decisiones más importantes, así como de proveer direccionamiento con relación a los temas de fortalecimiento y proyección institucional universitaria. El Consejo Directivo, por su parte, es el órgano ejecutivo de las políticas académicas y administrativas establecidas por el Consejo Superior.
La administración central está integrada por la Rectoría, unidad que depende del Consejo Superior, y que orienta y dirige la vida académica y administrativa de la Universidad.