De manera posterior fue nombrado director de Planeación Académica desde donde aumentó la eficiencia del trabajo académico interno. Luego ocupó varios cargos, volviendo a la docencia y pasando por la Decanatura de la Escuela de Ingenierías, entre otros.
Durante el periodo de administración de Sanín Arango se vivió una de las mayores crisis que ha tenido EAFIT: un paro de docentes que desató la crisis financiera de la Universidad, pues el Consejo Superior había decidido suspender por un año las disposiciones del escalafón docente.
Ante esta situación, el Rector y los demás directivos enviaron una carta al Consejo Superior para ayudar a superar la crisis; pero luego de la solución hubo un despido masivo de profesores sindicalizados quienes a través de una demanda pidieron un reintegro.
Pero a pesar de estas dificultades hubo logros importantes, como la creación de las carreras de Negocios Internacionales, Economía e Ingeniería de Procesos, donde se sentaron las bases para la creación de Ingeniería de Diseño de Producto.
También se fundó el Instituto de Investigación y Capacitación del Plástico y del Caucho, se abrió la sede de EAFIT Bogotá, se decidió que había que construir un nuevo bloque para la Biblioteca, se consolidó el Centro de Laboratorios y se inició el proceso de Autoevaluación Institucional, entre otros avances.
Su rectoría, que hasta el momento ha sido la más prolongada en la historia de EAFIT, culminó en 1995. Luego de su administración, Guillermo Sanín se desempeñó como profesor en Ingeniería de Procesos y director de EAFIT Llanogrande.
Datos sacados del libro Universidad EAFIT 50 Años.