Su administración estuvo antecedida por un paro, que le tocó manejar a Hernán Gómez González, y culminó con otro que llevó a la interrupción de las actividades académicas por más de seis meses.
Pero el problema más delicado que tuvo que enfrentar fue el cierre de las residencias estudiantiles, debido a los desordenes y malas conductas de los alumnos, sabiendo que sus ocupantes tenían a su cargo el manejo de la única cafetería que había en esa época.
Pese a los períodos de crisis, durante su administración se dio un paso fundamental para la historia de la Institución: el 6 de mayo de 1971, el Ministerio de Educación Nacional y el Instituto Colombiano para el Fomento de la Educación (Icfes) reconocieron oficialmente a EAFIT como universidad.
Al año siguiente, se recibió una resolución proveniente del Icfes para crear la carrera de Tecnología en Programación de Computadores; además se adoptó el nombre oficial de “Escuela de Administración y Finanzas y Tecnologías, Universidad EAFIT.
Al finalizar el año de 1973, Botero Mejía presentó su renuncia definitiva ante el Consejo Superior.