La configuración organizacional es presidida por el Consejo Superior y el Consejo Directivo. El primero es el máximo órgano de Gobierno de la Universidad, custodio del patrimonio y la estrategia de la Institución, y el encargado de preservar los principios y la filosofía de los fundadores de la Institución.
El Consejo Directivo, por su parte, se configura como un subconjunto del Consejo Superior y es el órgano de dirección y administración de la Universidad del que también participan los estamentos de los profesores, los estudiantes y los graduados.
De la estructura, de igual forma hace parte el Consejo Académico, que vela por el cumplimiento e implementación del proyecto educativo; el Comité de Ciencia, Tecnología e Innovación, que orienta y fortalece el funcionamiento del Sistema de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Universidad.
Así mismo, el gobierno está integrado por el Comité de Desarrollo Profesoral, que decide sobre los procesos de ascenso, apoyos en procesos de formación y reglamenta el Estatuto Profesoral; el Comité Rectoral, que acompaña la gestión del rector de cara a la materialización de la operación y el funcionamiento de EAFIT; y los Consejos de Escuela, que asesoran a los decanos en las decisiones académicas.
La configuración de EAFIT está estructurada en tres capacidades:
Capacidades de conocimiento: a través de las cinco escuelas (Administración; Ciencias Aplicadas e Ingeniería; Finanzas, Economía y Gobierno; Artes y Humanidades; y Derecho); con sus respectivos centros.
Capacidades de soporte académico y articulación: sistema de aprendizaje; y sistema de ciencia, tecnología e innovación (dos vicerrectorías); y soporte corporativo (Secretaría General, 5 direcciones y 2 departamentos).
Capacidades de conexión con tres ecosistemas: empresas consolidadas, sistemas públicos y emprendimientos de impacto.