Conferencias 2020
4 de septiembre de 2020
Conferencista: Juan David Pineda Cárdenas
Esta charla es una introducción a la computación de alto rendimiento desde la perspectiva de usuario, algunas aproximaciones a los paradigmas de paralelización básicos y se mostrará como funciona Apolo, tanto desde su arquitectura como centro como desde el uso del cluster por parte de los investigadores y usuarios en general del centro.
18 de septiembre de 2020
Conferencista: Juan Diego Ocampo García
En el mundo digital, los procesos manuales son temas del pasado, por tal en esta charla se brindará un acercamiento a la automatización de algunos procesos en un entorno Linux; Para este fin utilizaremos Ansible una herramienta de código abierto utilizada para aprovisionar, configurar y administrar infraestructura.
2 de octubre de 2020
Conferencista: Simón Villanueva Corrales
El progreso de las tecnologías de secuenciación ha inundado de datos las ciencias de la vida y revolucionado la forma en que la estudiamos. En esta charla introduciremos la biología computacional y cómo el manejo de los datos de secuenciación conduce al uso de HPC (High Performance Computing), ejemplificando algunos de sus métodos y características para el caso de la genómica y el ensamble de genomas.
16 de octubre de 2020
Conferencista: Simón Villanueva Corrales
En una sociedad digital el procesamiento de los datos que se generan es una tarea cotidiana que continuamente requiere computación de alto rendimiento (HPC). En este contexto, cobra sentido incorporar el supercómputo en el proceso educativo, ya que cada vez es más probable que los profesionales se encuentren con necesidades de HPC en algún punto de sus carreras. En esta charla relataremos la experiencia del curso Fundamentos de Biología Computacional y cómo se ha incorporado el uso de Apolo como parte del aprendizaje y la evaluación, enfocándonos en los métodos, el diseño y las enseñanzas que se han adquirido.
30 de octubre de 2020
Conferencista: Juan Guillermo Lalinde-Pulido PhD.
Los logros de la computación cuántica, especialmente con la proliferación de nuevos algoritmos cuánticos, hacen de esta una tecnología prometedora. En esta conferencia se presentarán los conceptos básicos sobre los cuales se soporta la Computación Cuántica, tanto matemáticos como físicos, y cuál es su relación con la computación de alto rendimiento.
13 de noviembre de 2020
Conferencista: Laura Sánchez Córdoba
En esta conferencia se habla de lo que es la analítica, qué problemas abarca y que beneficios se pueden obtener al incorporar capacidades de analítica al Centro de Computación Científica Apolo.
Conferencias 2018
1 de octubre de 2018
Conferencista: Gerardo Hernández Correa
Con la creciente complejidad computacional de los algoritmos hoy en día y la necesidad de obtener una solución a un problema en un tiempo determinado, surge la necesidad de aprovechar al máximo la capacidad computacional de nuestras máqueinas multinúcleo y clusters. En este seminario se verá cómo reducir significativamente el tiempo de ejecucion de algoritmos y simulaciones en MATLAB mediante el uso de herramientas orientadas a cálculo paralelo
Conferencista: Andrés Sicard Ramírez
15 de septiembre de 2018
It is accepted that the λ-calculus is a model of computation. It is also known that Plotkin’s parallel-or function or Church’s δ function are no λ-definable. We discuss if some extensions of the λ-calculus, which these functions are definable, contradict the Church-Turing thesis.
Conferencista: Sebastián Patiño Barrientos
15 de agosto de 2018
Por distintas razones durante el uso de un supercomputador, se hace necesario interrumpir un trabajo, ya bien sea abruptamente por alguna condición externa al sistema o por una condición de usuario final. Dada estas circunstancias se hace necesario que el sistema permita guardar de alguna manera lo que se ha computado hasta el momento de forma que no se tenga que modificar el código profundamente.
En esta charla, Sebastián Patiño nos mostrará por medio de una prueba de concepto, los mecanismos por los cuales se puede hacer "checkpointing" o puntos de guardado en la ejecución de trabajos débilmente acoplados en Apolo 2 y en Cronos.
Conferencista: Mauricio Bermúdez
8 de agosto de 2018
El Centro de Computación Científica Apolo invita a la charla “Uso e importancia de de sistemas de alta intensidad de computo paralelo Apolo y Cronos-EAFIT en el modelado de la historia de levantamiento de cadenas montañosas", a cargo de Mauricio Bermudez P.h.D en Ciencias de la Tierra, Profesor de la Escuela de Ingeniería Geológica, Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia (UPTC).
En esta charla se presentará una de las principales aplicaciones de los clusters Apolo y Cronos en la predicción de edades de exhumación, tasas de movimientos de fallas e inversión de parámetros termales y flexurales (geofísicos). Estos modelos son de vital importancia, ya que ayudan al geólogo en la interpretación de complicadas bases de datos y zonas donde la evolución geodinámica ha sido muy rápida en el tiempo.
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Conferencista: Juan David Pineda Cardenas y Mateo Gómez Zuluaga
1 de agosto de 2018
Gracias a la nueva adquisición de las licencias de Matlab por parte de la Universidad, incluyendo el Matlab Distributed Computing Server, se hace posible usar los distintos toolboxes de Matlab en los clusters del Centro de Computación. En esta charla Juan David y Mateo mostrarán el procedimiento para hacer uso de este importante software científico tanto en Procesadores como en Coprocesadores (GPU). El siguiente enlace contiene la lista de toolboxes adquiridos por la Universidad que se pueden usar en Apolo: https://git.io/fNEP1
Conferencista: Edward Yesis Villegas
6 de junio de 2018
En esta charla se realizara un contexto del uso de Jupyter Notebook como una herramienta para ayudar a definir el flujo de trabajo de los experimentos computacionales y la exploración de los datos generados por el flujo creado a través de las distintas celdas del Notebook y las herramientas de interacción y visualización del proyecto Jupyter como ipywidgets, IPython y otros módulos externos al proyecto. Esto no solo muestra una utilidad para actividades de investigación sino también de docencia.
Conferencista: Tomás Felipe Llano Ríos
16 de mayo de 2018
Estudiante de último semestre de Ingeniería en Sistemas de la universidad EAFIT, quien introducirá conceptos fundamentales de la herramienta, arquitecturas comunes de despliegue bajo diferentes ambientes de trabajo y algunas estrategias de automatización orientadas a mejorar la productividad de usuarios y administradores. Adicionalmente, Tomas explicará la aplicabilidad de este software en el modelo DevOps.
Conferencista: Johan Sebastián Yepes Ríos
9 de mayo de 2018
Cómo optimizar mi investigación mediante el uso de los notebooks. Se pretende mostrar las posibilidades de trabajo con los notebooks de Jupyter y como estos pueden facilitar la programación en paralelo. Además se mostrará que no solo su utilidad está limitada a Python, sino también a languajes como Bash, R, Julia entre otros.
Conferencista: Javier Correa Álvarez
2 de mayo de 2018
El análisis sistemático de datos provenientes de proyectos genómicos y proteómicos es una necesidad imperativa para acortar la enorme brecha existente entre los datos disponibles y su interpretación biológica. Sin embargo, el gran tamaño de la información depositada actualmente en bases de datos públicas, imposibilita que el análisis realizado tradicionalmente por biólogos sea de forma manual o individualizado. Dada la tasa de generación de datos, es bien sabido que esta brecha no se cerrará con la experimentación individual. La Biología Computacional y Bioinformática son campos multidisciplinarios que han venido desarrollado herramientas para ayudarnos en el análisis rápido de estos datos. Así, nuevos enfoques computacionales y teóricos para la comprensión de los sistemas biológicos son una prioridad para ayudar a cerrar esta brecha. Estas actividades incluyen el modelamiento computacional de procesos biológicos, la gestión computacional de proyectos a gran escala, desarrollo de base de datos inteligentes y el manejo eficiente de los datos, desarrollo de nuevos algoritmos y la computación de alto rendimiento, así como los análisis estadísticos y matemáticos. en esta charla hablaremos de las principales aplicaciones de la genómica y biología computacional para comprender y predecir los sistemas biológicos, así como los retos que hay para mejorar la comprensión de los organismos.
Conferencista: Jorge León David Caro
18 de abril de 2018
El Centro de Computación Científica Apolo invita a la charla " Métodos computacionales en cálculos de estructura electrónica ", a cargo de Jorge Leon David Caro, Ph.D. en Físicoquímica Molecular, de la Universidad Andrés Bello, Chile. y profesor e investigador de la Universidad EAFIT.
El seminario plantea la forma como se usan los métodos computacionales en la obtención de las propiedades de un sistema electrónico. La ecuación de Schrödinger y la ecuación de Dirac son las ecuaciones fundamentales de la mecánica cuántica, las cuales describen el estado de un sistema electrónico. La imposibilidad de la obtención de una solución analítica conduce al planteamiento de métodos computacionales para la obtención de información de las propiedades del sistema electrónico en estudio.
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Conferencistas: Juan David Pineda Cárdenas y Andrés Sicard Ramírez
21 de marzo de 2018
Juan David Pineda Cárdenas, coordinador de Apolo, y Andrés Sicard Ramírez, profesor e investigador de la Universidad EAFIT, muestran las ventajas que tiene usar este conjunto de herramientas disponibles en el clúster Apolo II y , próximamente, en Cronos.
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Conferencista: Juan Guillermo Lalinde, coordinador científico de Apolo.
14 de marzo de 2018
El Centro de Computación Científica Apolo invita a la charla "Message Passing Interface", a cargo del doctor Juan Guillermo Lalinde Pulido, Coordinador Científico de Apolo.
El profesor Lalinde nos mostrará los elementos básicos de funcionamiento del estándar de paso de mensajes MPI, el cual se usa en programación paralela y concurrente. Este estándar permite la exclusión mutua para evitar problemas de concurrencia como los deadlocks y las condiciones de carrera que se presentan en esquemas de memoria compartida y memoria distribuida, lo cual es fundamental a la hora de usar un clúster supercomputacional.
Conferencista: Carlos Alfredo Cuartas
07 de marzo de 2018
Conozca de la mano de Carlos Alfredo Cuartas, magíster en Física Aplicada, desarrollos realizados por el grupo de investigación en Óptica Aplicada de la Universidad EAFIT y el Wellman Center for Photomedicine, donde la computación de alto rendimiento ha facilitado tanto el diagnóstico médico como el desarrollo de nuevas aplicaciones.
Conferencista: Juan Carlos Duque Cardona
28 de febrero de 2018
Un recorrido por la agenda investigativa del grupo de investigación Rise en su exploración de nuevas ideas para aportar al objetivo de conseguir ciudades para todos. Descubra cómo los datos, combinados con el poder computacional de Apolo y una buena dosis de creatividad, están ayudando a RISE a revisitar la ciudad ya construida y detectar oportunidades para mejorar la calidad de vida de la sociedad que la habita.
Conferencista: Juan David Pineda Cárdenas
14 de febrero de 2018
El coordinador técnico de Apolo, muestra algunas de las aproximaciones para realizar computación paralela en el lenguaje de programación Python: desde el manejo de hilos en un sistema multinúcleo, hasta el uso de la librería MPI4PY. Esya permite usar el paradigma de paso de mensajes en un clúster supercomputacional con varias decenas o ,incluso, cientos de servidores.
Conferencista: Mateo Gómez Zuluaga
7 de febrero de 2018
Partiendo de la arquitectura básica de un clúster computacional, Mateo Gómez Zuluaga, analista de supercómputo, muestra los distintos problemas que surgen a la hora de gestionar eficientemente los elementos de hardware y software que requieren los usuarios, cuál es la mejor manera de usar dichos subsistemas y cuáles son las condiciones y restricciones a la hora de lanzar un trabajo en una cola de ejecución.
Conferencias 2017
Conferencista: Andrés Sicard Ramírez
8 de Noviembre de 2017
ThreadScope es una herramienta *gráfica* que permite analizar el comportamiento de los hilos de ejecución de un programa paralelo escrito en Haskell. Este tipo de herramientas ayudan a detectar (algunos) problemas de desempeño de los programas. A partir de algunos ejemplos se realizará una introducción a ThreadScope.
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Conferencista: Raúl Ramos Pollán
11 de octubre del 2017
El Centro de Computación Apolo invita a la charla Big Data en ambientes HPC, a cargo de Raúl Ramos Pollán,
director del grupo de Cómputo Avanzado y a Gran Escala (CAGE) y líder del área de Analítica de Datos a Gran
Escala del Centro de Supercomputación de la Universidad Industrial de Santander.
Esta charla se centrará en los modelos de hardware y software que han supuesto un punto de inflexión en el
alcance de aplicaciones Big Data, tanto en el ámbito científico como el empresarial. También se revisarán las
causas tecnológicas detrás del éxito de Hadoop, Spark y de la inteligencia artificial sobre GPUs y su relación
con los sistemas clásicos de cómputo de alto desempeño (HPC).
Conferencista: Andrés Sicard Ramírez
27 septiembre del 2017
Los diferentes paradigmas de computación ofrecen diferentes abstracciones al programador. Algunas abstracciones ofrecidas por los lenguajes funcionales (no necesariamente exclusivamente por ellos) incluyen las funciones, las funciones de orden superior, los polimorfismos ad hoc y paramétrico, y la pureza, entre otras. Se presentarán algunas abstracciones proporcionadas por los lenguajes funcionales para la programación paralela.
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Conferencista: Juan Francisco Cardona-Mc'Cormick
13 de septiembre de 2017
En esta tercera charla del ciclo de conferencias de Computación de Alto Rendimiento de Apolo, el profesor Juan Francisco Cardona-Mc'Cormick nos brindará un acercamiento a los hilos (threads) como mecanismo mediante el cual los programadores pueden construir aplicaciones que permitan, a través de un sistema de memoria compartida, tener más de una unidad de ejecución dentro de estos. No obstante, aunque estos hilos nos brindan una forma de modificar nuestros programas secuenciales en programas con más de una unidad de ejecución, nos traen también nuevos retos al hacer que los programas compartan datos. La idea es ver la forma en que se pueden manejar estos retos y las consecuencias de hacerlo de manera errónea.
Conferencista: Juan David Pineda Cárdenas
23 de agosto de 2017
Sobre técnicas, estrategias y rudimentos de la computación de alto rendimiento, habló Juan David Pineda Cárdenas, coordinador Técnico de Apolo durante esta actividad. En este sentido, compartió algunos problemas a resolve, como cuellos de botella y concurrencia en el tema de paralelización. Lo anterior, a través del uso de conceptos de sistemas operativos y mecanismos de paralelización.
Conferencista: Juan Guillermo Lalinde Pulido
9 de agosto de 2017
En esta actividad, el docente de la Universidad EAFIT, y coordinador Científico de Apolo, Juan Guillermo Lalinde Pulido, abordó temáticas relacionados con las revoluciones científicas, modelación matemática, complejidad algorítmica, lenguajes y arquitecturas.