La promoción de la cultura en sus más diversas formas se notó en Colombia con la promulgación de la Ley de Cine en 2003, con muy buenos resultados, y que propició la creación de muchas más obras y el crecimiento de una industria en la que convergen muchas otras profesiones. En el ámbito urbano, la década fue testigo de la llegada de los primeros mandatarios independientes del bipartidismo tradicional.

“Contribuir al progreso social, económico, científico y cultural del país” marcó la Misión de EAFIT desde 2008. Y así lo declaraba y lo materializaba “mediante el desarrollo de programas de pregrado y de posgrado –en un ambiente de pluralismo ideológico y de excelencia académica– para la formación de personas competentes internacionalmente; y con la realización de procesos de investigación científica y aplicada, en interacción permanente con los sectores empresarial, gubernamental y académico”. Con esta postura estratégica, la Institución explicitaba su transitar hacia las llamadas universidades de tercera generación que, además de transmitir y generar nuevo conocimiento, transfieren sus capacidades al entorno y, de esta manera, fortalece su tercer eje misional: la proyección social.

El mundo de la ciencia y la investigación no para en esta década, en la que se completó la secuencia del genoma humano (2003), comenzó a desarrollarse la revolución de las redes sociales (Facebook, 2004) y se confirmó la existencia de agua en Marte (2008). En EAFIT, de otro lado, los ejes de investigación e innovación se potenciaron con nuevos hitos como la creación del Centro para la Innovación, Consultoría y Empresarismo (CICE), en 2006, hoy Innovación EAFIT; la obtención de la primera patente: modelo de utilidad para el Tornillo de troncos giratorios (2005); o, tres años después, la primera patente de invención, denominada Aparato para la medición de las fuerzas de oclusión oral. De igual forma, antes de culminar la década, en 2009, surgió la primera spin off de la Universidad: Tezio-EAFIT. 

La Institución, en su ejercicio permanente de repensarse, propuso dos programas innovadores que les dieron la bienvenida a públicos de otras generaciones a la experiencia universitaria. En 2001, inició actividades Saberes de Vida, para el deleite intelectual de los mayores de 55 años; y, en 2005, la Universidad de los Niños, en el que las preguntas permiten acercar la ciencia a niños a partir de los siete años de edad, además de ser uno de los pocos espacios de encuentro en el país entre estudiantes de la educación pública y privada.

También se fortaleció la impronta de EAFIT, a través del Núcleo de Formación Institucional (2007), que forma a los estudiantes para que desarrollen una conciencia lingüística y discursiva, histórica y social, estética y literaria, política, ciudadana y crítica. La internacionalización siguió su marcha con la apertura de la especialización en Mercadeo en Guatemala, el primer programa ofrecido en el exterior.